Fakultas-Fakultas di UIN Sunan Kalijaga

1. Fakultas Adab dan Budaya
2. Fakultas Dakwah dan Komunikasi
3. Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan
4. Fakultas Syariah dan Hukum
5. Fakultas Ushuluddin dan Pemikiran Islam
6. Fakultas Sains dan Teknologi
7. Fakultas Ilmu Sosial dan Humaniora
8. Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam
9. Program Pascasarjana