Fakultas di Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga Yogyakarta

1. Adab dan Ilmu Budaya
2. Dakwah dan Komunikasi
3. Ilmu Tarbiyah dan Keguruan
4. Syariah dan Hukum
5. Usuludin dan Pemikiran Islam
6. Sains dan Teknologi
7. Ilmu Sosial dan Humaniora
8. Ekonomi dan Bisnis Islam
9. Pascasarjana